ایجاد شکاف، اختلاف رنگ، اختلاف سطح، پایبندی به اشتباهات مرمتی دوره پهلوی و همچنین چیستی مواد و مصالح به‌کاربرده شده در مرمت دو ترک از گنبد مسجد شیخ لطف‌الله، از مهم‌ترین مواردی است که نگرانی‌هایی را در بین کارشناسان و دوستداران میراث فرهنگی اصفهان ایجاد کرده است. نگرانی‌هایی که تائید مرمت گنبد توسط نمایندگان وزارت میراث فرهنگی نیز نتوانسته از مقدار آن بکاهد.
مدیر پایگاه میراث جهانی نقش‌جهان، در نخستین اظهارنظرها درباره شیوه مرمت گنبد مسجد شیخ لطف‌الله گفته بود که مرمتگر این پروژه، از گچی شبیه به سیمان برای مرمت دو ترک از آن استفاده کرده و مرمت اخیر، تا ۲۰۰ سال دیگر نیاز گنبد را برطرف کرده است.
اداره میراث فرهنگی اصفهان ۱۰ آذرماه ۹۸ به خبرنگاران و عکاسان رسانه‌های مختلف اجازه داد که از نزدیک، بازدیدی از گنبد مسجد شیخ لطف‌الله داشته باشند؛ اقدامی که انتظار می‌رفت اعطای مجوز به کارشناسان مرمت و کاشی‌کاری اصفهان، به‌ویژه مرمت‌گرانی که در دهۀ شصت این گنبد را به‌صورت موضعی مرمت کرده بودند و اشراف بهتری بر موضوع داشتند را نیز به همراه داشته باشد، اما با وجود اینکه بنیاد تاریخ فرهنگ و تمدن آریا روز چهارم دی‌ماه نامه‌ای برای کسب مجوز بازدید ۱۰ تن از این کارشناسان، به اداره میراث فرهنگی اصفهان نوشته بود، پاسخی از سوی این اداره کل دریافت نکرد. این کارشناسان و سایر کارشناسان منتقد تا این لحظه نیز مجوز بازدید از گنبد شیخ لطف‌الله را از سوی اداره کل میراث فرهنگی اصفهان دریافت نکرده‌اند.
صبح روز ششم دی‌ماه، تعدادی از استادکارانی که لازم می‌دیدند حرف‌های ناگفته خود را درباره مرمت گنبد شیخ لطف‌الله بر زبان بیاورند بلکه از تکرار اشتباهات رخ‌داده در مرمتی که گفته می‌شود به زودی ادامه پیدا خواهد کرد جلوگیری کنند، به همت یک کنشگر میراث فرهنگی به میدان نقش‌جهان آمدند، روبروی گنبد شیخ لطف‌الله ایستادند، از وجوه تاریک مرمت گنبد شیخ لطف‌الله سخن گفتند و خواهان پاسخی روشن در خصوص تک‌تک این موارد شدند.
هوشنگ رسام، پیشکسوت کاشی‌کاری و مرمت و مرمتگر گنبد شیخ لطف‌الله در دهه شصت، علی‌اصغر نجف پور، مدرس رشته معماری و مرمت در دانشگاه، عضو سابق شورای فنی مرمت و ناظر پروژه‌های مرمت اصفهان و کاشان از سال ۸۴ تا ۹۵ و عضو شورای فنی میراث فرهنگی قم به همراه، رجبعلی حدادی، پیشکسوت مرمت و کاشی‌کاری و امین ناطقی، پژوهشگر حوزه مرمت و میراث، از تهدیدی می‌گویند که استفاده از گچی شبیه به سیمان و وفادارای به اشتباهات مرمتی دوره پهلوی، باعث به وجود آمدن آن شده است.
